Während Reset und nach Power-On-Reset sind alle Pins Eingänge; folglich fließt wegen dem PullUp-Widerstand ein Basis-Strom bzw. liegt bei einem FET 5V am Gate, der Transistor / FET leitet, die Pumpe läuft.
Erst wenn der Reset-Eingang wieder High-Pegel hat, beginnt die Initialisierung durch das Programm, bei der die entsprechenden I/O-Pins auf Ausgang und der Ausgangs-Pegel auf 0 = Low = Transistor / FET hochohmig gesetzt wird; bis dahin ist die Pumpe an. Wenn es keinen Reset-Taster gibt, dann sind beim Einschalten einige µs bis zur Initialierung / Abschaltung der Pumpe.
Daher würde ich den I/O-Pin invertieren. Wenn eine Invertierung mittels Transistor erfolgt, kann evtl. mit einem zweiten PNP-Transistor / P-FET der Plus geschaltet werden.