Intern ist ein RC-Oszillator bis max. 8MHz und daher wesentlich ungenauer als ein Quarz. Das spielt aber nur eine Rolle wenn man eine Uhr braucht oder den UART benutzt.
Beim Mega128 sollte man an der Pin62, AREF auch noch einen 100n nach GND schalten, sollte der ADC auch einmal benutzt werden.