Kiwee,
ich weiß nicht so ganz, worauf du eigentlich hinaus willst.
Ich arbeite seit Version 2.6 mit Eagle und behaupte, einigermaßen fit mit dem Programm zu sein.
Jawoll, es ist von der Bedienung her etwas anders als der übliche Windows-Standard. Letztlich gibt es aber kaum ein Feature, was dur dir nicht per ULP und Tastatur-Shortcut zusammenbasteln kannst.
Ich habe meine Erfahrungen mit Protel und Orcad gesammelt und immer wieder reumütig zu Eagle zurückgekehrt - mal ganz davon abgesehen, dass Eagle das einzige überhaupt irgendwie bezahlbare professionelle Layout-Paket überhaupt ist.
Da bei mir auch diverse Spice und PSpice-Derivate laufen (in erster Linie Tina und LTspice), kenne ich das Problem des "Umschaltens" im Kopf. Das geht aber.
Eagle ist ein relativ komplexes Paket, und da dauert die Einarbeitung halt seine Zeit. Ist bei keinem Programm auf der Welt anders.
Das Entscheidende ist: Die Ergebnisse sind gut, mit allen Standards konform und werden von jeder Platinenbude problemlos in FR4 umgesetzt.

Also: Jammere nicht, gewöhn dich dran.