Es kommt ganz drauf an, was für ein Signal du gerade probiert hast. Die VGA-Signale haben z.B. etliche MHz, da komm nicht mehr jeder Transistor mit. Andere Signale, z.B. USB, laufen bidirektional und können daher von einem simpelen Transistor nicht vollständig geschaltet werden.

Pollin hat gerade nen KVM-Switch im Angebot (721128, 15€, der über einen Taster umgeschaltet wird. Da könntest du den Taster durch den Ausgang deines µC's ersetzen. So hast du die ganze Umschalterei schon erledigt.