Hi,
lass' es einfach so.
Ist auch bei VCC / VDD so.
Eagle "meckert" auch über nicht angeschlossene Pins etc.
So lange du weißt, was du tust (also zB. daß VSS und GND zusammengehören), ist das kein Problem.
Wie Hubert schon schrieb, lohnt sich der Aufwand, eine Library zu ändern, nicht wirklich.
Da könnte man jede zweite Library umbauen.
Und wenn man dann doch mal VSS als Minus braucht ändert man wieder zurück...

Gruß
Christopher