Hi,

Der richtige Eintrag für einen can128 in einem Makefile wäre
MCU = at90can128. Für deinen Fall ist es wohl besser den Eintrag
Qfix C++ can128 mit PN in die erste Zeile zu schreibn. Ich habe allerdings keine Ahnung was das bewirkt.

Das .c steht doch für die Art der Datei oder? Wie soll ich das denn verändern? Dass, was du mit dem zweiten meinst verstehe ich nicht.
Benenne einfach die Datei um. Zur Not speichere sie unter PN mit neuem Namen 'test.cc' ab.

Da ich glaube, dass die ganze Projektverwaltung mit Makefile zu schwierig für deinen Kenntnisstand ist, wird es dir auch nicht möglich sein die UART Bibliothek einzubinden. Da ich aus der Ferne nicht wissen kann, wie Qfix seine Projekte erstellt, wird es am einfachsten sein, folgenden dirty trick anzuwenden.

Schreibe einfach folgende Zeile in die umbenannte Datei test.cc, hinter die letzte Zeile die mit #include beginnt.

Code:
#include "uart.c"
Damit sollte sich zumindest das ganze erst mal übersetzen lassen.

Ein Tutorial über AVR-GCC (auch für WinAVR) befindet sich hier