Dazu empfehle ich einen Blick ins Datenblatt. Und da ganz besonders die Fuses.

mit C hat das ganze herzlich wenig zu tun.

Wie du die Fuse-Bits setzt, hängt von deinem Brennprogramm ab. Bei AVR-Prog z.B. muß man nur die richtige Taktquelle aus einer Drop-Down Liste aussuchen, den Rest macht das Programm automatisch.