Mit einem Elko glätten ist der falsche Weg, du musst dein Tiefpass anders bemessen! 1,6kHz Grenzfrequenz ist entschieden zu hoch, (Also die Zeitkonstante ist zu niedrig!) Es sei denn, du willst tatsächlich den Stromverlauf über eine einzelne Umdrehung des Motors aufzeichnen.
Bedenke: Selbst ein hochdrehender Motor (30000U/min) macht in der sekunde 500U! mit einer TP-Frequenz von 1,6kHz kannst du während einer einzigen Umdrehung drei(!) Messungen auflösen!! Die allesamt stark unterschiedlich ausfallen! Bei einer Sampelrate von 172kHz sind es natürlich noch viel mehr.
Also der Weg kann nur sein: das TP anders dimensionieren, statt 100nF min. den 10-20fachen Wert nehmen, also 1-2 mikroF.
Eine Softwaremässige Mittelwertbildung kann dann evtl entfallen. Das wäre ja auch doppelt gemittelt, also unnötig.
Übrigens: bei Bürstenmotoren beträgt die optimale PWM-Frequenz so um die 3kHz, das sorgt im Zusammenspiel mit der Eigeninduktivität des Motors im Zusammenhang mit einer (zwingend erforderlichen)Freilaufdiode für geglättete Ströme. Eine höhere Frequenz lässt die Verluste durch die Schaltzeiten wieder ansteigen.

Gruß, Rene

Noch ein Nachtrag: Die fehlende Freilaufdiode direkt am Motor sorgt für zusätzliche Mess-Störungen: immer wenn die PWM abschaltet wird im Motor ein Strom induziert, der entgegengesetzt fliesst. Hast du als Schaltelement ein FET mit intergrierter Diode, kann man, auch gefördert durch die höhe Abtastung, in diesem Moment negative Ströme messen. Also unbedingt Freilaufdiode (schneller Schottky-Typ) verwenden!