Ich hab's selbst noch nie gemacht, daher kann ich Dir keine genauen Tipps geben. Grundsätzlich gibt es aber 2 Möglichkeiten, wie Du das machen kannst:

a) Über eine JTAG Daisy Chain. Dazu brauchst Du aber ein JTAG ICE oder vergleichbares, um die Controller zu programmieren. Wie ganau das funktioniert, kann ich Dir nicht sagen. Vielleicht gibt es da von Atmel eine Application Note zu.

b) Du programmierst die Controller 2 und 3 einmal mit einem Bootloader. Dann kannst Du von Controller 1 per I2C die Firmware in die anderen Controller schreiben. Allerdings musst Du dann in Controller 1 soviel Platz im Flash haben, dass der Code von allen 3 Controllern reinpasst.

askazo