Du darfst nicht vergessen, daß du nur dort was schützen mußt, wo es auch Konflikte geben kann. D.h. mehr-byte felder, auf die sowohl der "normale" als auch der ISR-Code hingreift.
Also, wenn z.B. die ISR eine 32-Bit Zahl hochzählt und in der Hauptschleife rechnest du mit genau derselben Zahl.

Wenn dein Rechen-Algorithmus seine eigenen felder hat, brauchst du dort nix zu machen.