Es hat fast sicher mit Tastenprellen zu tun. Aber noch was anderes, wenn der Kontakt offen ist dann liegt über den PullUp 5V am Emitter, die Basis vom AVR her auf 0V, die Basis-Emitter-Sperrspannung beträgt laut Datenblatt 5V, du bewegst dich daher schon hart an der Grenze. Warum realisierst du das ganze nicht SW-mässig, Masseverbindungen auftrennen ist nicht das gelbe vom Ei. Ansonsten würde ich auch mal den PullUp bis auf etwa 1k verkleinern.

Hubert