Geht vielleicht schon, frage mich aber, wieso du es nicht einfach andersrum machst?
Wenn es wegen dem ausrichten ist: Zwei möglichst Weit auseinanderliegende Bohrpositionen anfahren, und danach die Platine ausrichten sollte eigentlich auch gut möglich sein, Manche Steuerungen können auch das Koordinatensystem drehen und so auf die Lage anpassen (natürlich Steuerungsabhängig)

Ansonsten müssen die Bohrungen gratfrei sein, damit die Folie beim Belichten gut aufliegt. außerdem muss man mit Fotobeschichteten Platinen vorsichtig sein wegen dem Lack. Da reicht vielleicht schon ein Span um da Kratzer draufzubringen.