Ein Alu-Gehäuse schirmt elektromagnetische Strahlung nicht besonders wirksam ab, da wäre ein Weissblechgehäuse besser. Dann sollten auch sämtliche Kabel über Durchführungskondensatoren laufen. Wie sieht deine Stromversorgung/Spannungsregelung sonst aus? Genügend Abblockkondensatoren eingebaut, PullUp/PullDown Widerstände so klein wie möglich gehalten. Wie sieht deine Schaltung überhaupt aus, vieleicht kannst du die mal posten.