naja lieber die GUI frieren lassen (so ists in WinAVR auch) als ungültige eingaben vom user haben oder in ein timeout rennen ... der GCC beendet IMMER .... egal ob ohne meldung, mit fehlern oder strg+c ^_^

ich seh das hier aus usability-gründen und fehlersicherheit als günstiger ... by the way man kann auch mit timeout warten, also 20ms timeout und dann ein kleines label ONTOP, damit der user keine eingaben machen kann, auf dem pro timeout so n kreis wie im mozilla browser läuft(also immerwieder ein bild weiter oder so)

EDIT: ich weis ja nicht wie du dein timeout realisiert hast aber man könnte es ja anpasssen, aber eben nie davon ausgehen dass der GCC hängen geblieben ist, das ist quasi unmöglich! eventuell aber einen abbruchbutton einbauen damit man den prozess abschiessen kann ... inwiefern das mit java geht muss ich passen