ich würde das folgendermaßen verstehen: man klickt auf einen button ("compilerverzeichnis einstellen"). ein öffnen-dialog kommt auf den schirm. und in diesem muss man das winavr-verzeichnis bzw. eine bestimmte datei darin auswählen und "öffnen". und schon ist deinem flash tool das winavr verzeichnis bekannt, und alle wichtigen einstellungen können automatisiert werden =)

nachteil: funktioniert dann nur mit jeweils einem bestimmten kompiler, und auch nur wenn sich dessen ordnerstruktur nicht ändert.
vorteil: unglaublich einfache einstellung der pfade.

vielleicht sollten beide möglichkeiten offen gehalten werden ("für den standart-compiler hier klicken, für alle anderen hier klicken").

mal was anderes: wie siehts aus mit windows mobile (siehe oben)? ist sowas überhaupt möglich?