Das Thema ist zwar schon alt aber vielleicht brauchst du ja immer noch ne Antwort:
1. Vcc ist die Betriebsspannung und Vref ist die Referenzspannung, ich glaub die wird für den AD- Wandler und sonst noch ein paar Sachen benötigt.

Bei den anderen Fragen kann ich dir auch nicht weiter helfen, aber wir haben von der Berufsschule einen Schaltplan für eine JTAG Platine für einen ATMega32 ich denke die würde auch für deinen Mikrocontroller gehen, wenn du Interesse hast such ich dir mal den Schaltplan und scann ihn ein.