Hallo,

nein, an Gnome liegt das sicher nicht. Schau mal in dein /dev Verzeichnis. Wenn der Programmieradapter eingesteckt ist, gibt es dort Einträge wie zB /dev/ttyUSB0 oder Ähnliches? Wenn ja, probier mal diese Einträge als Port. Das macht man mit diesem -P ... Parameter.
Hier ein Beispiel, das vielleicht funktionieren könnte:

avrdude -p m16 -c avrispv2 -P /dev/ttyUSB0 -u -U flash:r:/home/cybrix/atmega16.hex:i

viele Grüße,
cadManiac