Am Hyperterminal die Verbindung beenden (trennen, Hörer schwebt über Tel.), dann über Datei -> Eigenschaften die echte serielle Schnittstelle (bei mir ist das com1) auswählen. Anschliesend wieder verbinden.

Das Flashtool zeigt dann weiterhin com4 als verfügbar an.

Wie gesagt, ich weis nicht, ob das wirklich hilfreich ist und zur Lösung deines Problems führt.