Bei mir stören der ISP und die IR-Funktion sich nicht gegenseitig. Wenn der Programmiervorgang läuft, werden alle nicht dafür benutzten Pins am AVR abgeschaltet, sodass die IR-LED nicht stört, weil ihre Kathode nicht durch den TX Pin auf Masse gezogen wird.
Vorraussetzung dafür ist nur ein ordentlicher ISP, der seine Pins hochohmig schaltet, wenn der AVR sein Programm ausführt. Also kein Widerstandsgefrickel, sondern zumindestens einer mit Buffer-IC, oder nen 910er (den benutze ich).

Aber natürlich kannst du auch Timer 1 verwenden. Zur Not ginge auch Timer 0, aber da hätte man etwas Interruptlast, weil er keinen Output-Compare-Pin hat. Und wenn alle Stricke reißen, kann man natürlich auch noch nen 555 anklemmen, wie beim Tranceiver.