Hast du Studio gesagt, daß das Makefile extern ist?
Hast du die passende avr-gcc-Version? Keine Ahnung, was das Projekt für ne Version will. Welche hast du?

Eigentlich musst du nix machen ausser

-- die richtigen Versionen von avr-gcc, binutils, avr-libc besorgen
-- die beschriebenen Patches machen
-- make (in dem Verzeichnis)

AVR-Studio kenne ich nicht. Ich hab's mir nur 1x angeschaut, ist mit zu klotzig. Und teilweise sind die Dateien auch nicht unter AVR-Studio erstellet. So begeistert scheinen die Atmel-Entwickler also nicht davon zu sein...