Hallo Gandalfx86

Dein AVRISP MKII kenne ich zwar nicht aber es wird sich hierbei auch um einen ISP-Programmieradapter handel. Ich selber benutze einen selbstgebauten, den ich mit Ponyprog2000 bediene, was aber vom Programierablauf das gleiche sein dürfte.
Nur mit einem Multimeter an einem Prozessor zu messen ist zwar nicht so das gelbe vom Ei, aber vieleicht kann ich dir ein paar Tips geben, damit du die mögliche Fehlerquelle etwas einkreisen kannst.
Hierzu kannst du mit dem Multimeter an den Anschlüssen 6 (MOSI), 7 (MISO), 8 (SCK) und 9 (Reset) den Pegel jeweils gegen GND messen und merken. Während der Programmübertragung sollten sich diese Pegel verändern. Besser kann man das ganze mit LED's beobachten. Hierzu habe ich die Kathode einer LED an den jeweiligen Ausgang des Controllers und die Anode über einen 1K-Widerstand nach VCC(+5V) angeschlossen.
Nach der Programmübertragung sollte der Reset/-Pin (9) auf +5V liegen. Möglicherweise muß hier für den Normalbetrieb noch die ISP-Schnittstelle von deiner Anwendung abgezogen werden.
Sollte alles so sein könnte es an dem Controller liegen, aber der ist ja glaube ich neu. (ATMEGA32-DIP?)
Melde dich nochmal, auch wenn ich dir nicht weiterhelfen konnte.

Gruß Gucky.