Für den Fall, dass du in der Lage/Willens bist, dir deine Simulationssoftware selber zu schreiben, empfehle ich einen Blick auf http://www.ode.org , das ist eine physics library für C++.
Aber ich weiß nicht wie tief du in die Materie eindringen willst.
An der philosophischen diskusion über Mechatronik/Regelungstechnik/FEM und Simulation beteilige ichmich jetzt nicht. Ich habe Mechatronik studiert (Regelungstechnik war ein wichtiger Teil davon) und arbeite jetzt an einem Institute für Roboterforschung und simuliere kinematische Zusammenhänge und visualisiere das in VR! Da benutze ich ODE sehr gerne.