Der ISP-Programmer ist eigentlich auch nix anderes als ein SPI-Master.
Ich weiß nicht, woher Du die Anschlussbelegung mit PE0 und PE1 hast, aber normalerweise wird der ISP ebenso wie ein SPI-Gerät an MISO, MOSI und SCK angeschlossen (zusätzlich noch an RST).

Schau Dir mal die Application Note AVR910 an, speziell Seite 3, da steht alles drin...

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Ich habe gerade noch mal Datenblätter gewälzt - der Mega128CAN hat eine extra SPI-Schnittstelle zum Programmieren (PDI, PDO auf PE0, PE1). Die SCK Leitung wird gemeinsam mit dem normalen SPI benutzt.
Ich würde einfach die SCK-Leitung so beschalten, wie es in der AppNote angegeben ist und PDI, PDO ganz normal verbinden.

Bin mir nicht sicher, aber eigentlich sollte auch der 128er über MISO und MOSI zu programmieren sein...
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Gruß,
askazo