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Hallo Andy_B,
von deiner Idee, eine PCI-Karte KOMPLETT selbst zu bauen kannst Du dich wohl verabschieden. Ohne fertige Prototypenkarten kommst Du da nicht weit. Das fängt schon damit an, daß die PCI-Spezifikation nur für Mitglieder der PCI-SIG (PCI-Special Interest Group) verfügbar ist. Für einen 4 stelligen Jahresmitgliedsbeitrag teilt die Organisation einem eine "Vendor-ID", welche in Verbindung mit einem frei wählbaren Model-Code für eine Erkennung der PCI Karte durch den PnP-Manager benötigt wird.
Für die PCI-Kommunikation nimmt man üblicherweise spezielle Mikrocontroller / ASICs oder IP-Cores, die in FPGAs eingebunden werden.
Einen PC-seitigen Treiber zu schreiben ist noch das geringste Übel. Wenn Du z.B. LabVIEW verwendest, könntest Du (rein theoretisch) nach 10 min Programmierarbeit die ersten Zugriffe auf die Karte machen...
An deiner Stelle würde ich mich mit Ethernet oder USB auseinandersetzen, damit kommst du schneller zum Ziel 
Gruß
Peter
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