Warum geht es nicht das Du auf Ausgang stellts und den Port auf 0, das sollte doch das machen was Du willst, der AVR kann so 20mA verkraften, bei 5V.

Wenn ein Eingang direkt mit Gnd verbunden wäre, gäbs ja einen kurzen, wenn man 5V anlegt !

Auf Seite 84 des DB vom M2560 stehen die Kombinationen und Bedeutungen von DDRx, PORTx usw.
Da ist auch zu sehen, bei Eingang und ohne Pullup ist der zustand Tristate, also Hochohmig, was dein Wert wohl auch aussagt.

Es bleibt also nur den Port auf Ausgang und auf Low zu setzen, denn das ist die einzige Möglichkeit, laut Tabelle, in der "Sink" steht.
Aber auf die 20mA achten.