Wenn du den Uhrenquarz nimmst, um deinen µC zu takten, dann wird er wohl viel zu langsam sein für den Anzeige-MUX. Zum Takten des µC enpfiehlt sich ein Takt über 1MHz.

Wenn du die Ticks deiner Uhr vom µC-Takt ableitest, geht deine Uhr ebenso genau wie der µC-Takt (vorausgesetzt, du fummelst nicht selber mit Timer-Reload-Werten rum sonden benutzt Capture-Compare-Funktionalität o.ä.)

Günstig ist ein µC-Takt, den du einfach per Software auf 1 Sekunke skalieren kannst. Noch günstiger ist es, wenn du 1 Sekunde sogar exakt in Happen im ms-Bereich teilen kannst. Bei dem Link oben sind's 20kHz für schnelle Jobs (Anzeige, Soft-PWM) und 100Hz für langsame Jobs (Taster-Input, µ-Ticks, DCF-Input, ...)

Die 6000 Zeilen gehen vor allem auf Kosten
-- der unterschiedlichen Darstellungsmöglichkeiten für das Zeit- und Datumsformat
-- des Menüs mit den Einstellmöglichkeiten (Helligkeit, Lautstärke, Uhrzeit in den unterschiedlichen Formaten, ...)

...und Kleinvieh macht eben auch Mist: RC5-Decoder, DCF-Decoder, Timer1-Management, Zufallsalgorithmen, Tasterabfrage und -rückmeldung, ...

Mit 16 MHz kannst du eigentlich nix falsch machen, evtl 20 MHz für neuere AVRs. Falls es unbedingt zusätzlich ein Uhrenquarz sein soll, kannst du den als asynchrone Zeitbasis für Timer2 nehmen.

Anfangen Rumzubasteln kannst du allemal, auch ohne Quarze. Die können dann immer noch kommen...