Ich persönlich arbeite mittlerweile (beruflich) lieber mit PICs, je nach Design greift man in einen grossen Pool, für jede Aufgabe findet man eine passende PIC Variation.
Solls mal eine Kleinigkeit mit einem PIC16 sein oder diesmal ein PIC24 mit 2 CAN etc... oder doch USB?

Aber da du Linux verwendest, vermutlich grade in die Welt der µC eintauchst würde ich dir den ATMega anraten.

Um mit einem PIC eine 'gemütliche' C-Arbeitsumgebung einzurichten sollte man einen ICD2-Debugger haben ca100€, den Microchip C18-Compiler ca800€ (es gibt auch gratis Compiler, aber C18 ist gängiger) etc.

Bei Atmel hat man durch die Verbreitung bei Hobbybastlern mehr Informationen und 'gratis' Software.