Den AnalocComparator kannst du einen IRQ auslösen lassen. Er vergleicht die Spannungen an AIN0 gegen AIN1. Ausserdem kannst du noch viele andere Eingänge für den AC wählen (interne Referenz, Ausgang des Input-Multiplexers des ADC, etc). Am klarsten wird das, wenn du das Blockschaltbild im AVR-Manual anschaust.

Der AC hat andere physikalische Eigenschaften als digitale I/O bzw. INTn. Aberzum Messen von digitalen Signalen stört das nicht weiter.

Pulse zählen kannst du auch über die Timer1-Hardware, indem du den Timer nicht mit einer interenen Clock taktest sondern über Eingänge T0 bzw. T1.

"Digitales Signal" sagt erst mal nix. Was musst du da analysieren? Pulse/Flanken Zählen? Dutycycle measurement, Datenstrom einlesen, ...?