Hallo Hans,

zu 1) nur mit einem Programmier Tool das Kommandozeilen Parameter verarbeitet.
zu 2) Man baut das Kommandozeilen Programmier Tool in das Makefile ein. Ein Beispiel für avrdude ist normalerweise im Makefile schon vorhanden. Das könnte man anpassen.
zu 3) Nur mit einem anderen Bootloader, z.B. chip45boot
zu 4) nein weder als Quellen noch in Binärform. Läßt sich auch nicht auslesen.

Gruß m.a.r.v.i.n