Hmm dann fällt mir im Moment leider auch nichts ein denn, wenn der Akkupack okay ist und es die Motoren auch sein sollen bleibt nimmer viel übrig...Du hast definitiv richtig den Strom gemessen?

Ansonsten noch allgemeine Infos:

Motoren haben Anlaufströme. Der Anlaufstrom kann bis zum 10x über dem normalen Nennstrom liegen. Das heist kurze Peaks von bis zu 10A sind durchaus möglich. Diese Peaks können die Batteriespannung kurz zum Einbrechen bringen, wesshalb dein ATMega Probleme bekommen könnte.

Deswegen solltest du die Eingangsspannung vom Motor mit ´nem dicken Elko glätten, damit auch die Peaks entschärft werden.

Dass die Batteriespannung einbricht ist jedoch normal, solange es im Rahmen liegt. Unbelastet misst du bei einer Batterie immer eine höhere Spannung als wenn du sie bei einer anliegenden Last misst. Bestes Beispiel: Autoakku hat ohne Last ca. 13,8V und mit Last 12V.

Dadurch ist nicht gesagt, dass es sich hier um einen Kurzen handelt.