Warum soll das eine Katastrophe sein,
wenn's so eilt ein Start auf ein STOP zu senden, kann man das doch auch gleich als ein Befehle machen, ist zumindest im AVR so vorgesehen !
Also gleichzeitiges setzen von TWSTO und TWSTA nach der letzten Aktion.

Ich denke es gibt auch nichts was ein abgesetztes STOP noch verhindern könnte.

Und in einem normalen Ablauf dauerts doch ein paar Takte, bis sich wieder entscheidet, das was gesendet werden soll, und da ist das Stop schon durch.
Chaos könnte dann nur noch passieren, wenn zB. in verschiedenen ISRs etwas am TWI gemacht wird, die sich nicht synchronisieren.