Ich weiß nicht, ob ich Dein Problem richtig verstehe, aber Du kannst nicht einstellen, daß Du einen 16MHz-Quartz extern verwendest.
Du kannst nur generell einstellen, ob Du den internen Oscillator oder einen externen Oscillator (Quartz) verwenden möchtest.

Wenn Du externen Osszi einstellst ist es egal welchen Quartz Du an den Atmel hängst, solange er nicht schneller ist, als der Atmel taktmäßig schafft. Wieviel Dein Atmel schafft findest Du im Datenblatt.