Ich nehme mal an, dass du PWM zur geschwindigkeitsregelung benutzt. Da wird die Breite der Pulse in einem Binärwert gespeichert, den du bei der geschwindigkeitsänderung stufenweise erhöhst. Du kannst also versuchen, den ausgangswert zu erhöhen.
Beispiel:
PWM Werte zwischen 0-256

Motor eins 1. Stufe bei zb 50, 2. Stufe bei 100
da Motor 2 langsamer ist, bekommt er mehr Saft, also:
Motor zwei 1. Stufe bei zb 60, 2. Stufe 110 --> damot laufen sie jetzt gleich schnell

Hoffe, dass das einigermassen verständlich ist.