Die Dateien die das Studio verwendet müssen im linken oberen Fenster auftauchen, falls es noch links oben ist
Also in der Explorerähnlichen Ansicht.
Wenn man Dateien nur einfach ins Verzeichnis kopiert, bekommt das das AVRStudio erstmal nicht mit, also entweder vorher erzeugen, und dann ändern, oder die Option 'Add Existing Source File' nehmen.

Genauso bei Header-Files und den anderen.

Einfach mal mit der rechten Maustaste auf diese Zeilen clicken.