Diesei Interrupts arbeiten unabhängig voneinander.

Das Problem liegt ziemlich wahrscheinlich in deiner Software. Daß die Routinen einzeln funktionieren heisst ja nicht, daß sie korrekt sind!

-- Dürfen die IRQs kaskadieren (rekursive IRQs)? Das kann Probleme machen
-- Sind die IRQs flankengetriggert? Pulsgetriggert ist hier nicht angesagt!!!
-- Sind die ISRs frei von Warteschleifen, etc?
-- Sind Zugriffe auf Objekte, die in den ISRs verändert werden, atomar? Falls nicht, bekommst du sporadisch unsinnige Daten.
-- STellst du alle GPRs und das SREG wieder her (falls du Asm proggst)?