Die Umschaltung würde ich zwecks Zuverlässigkeit nicht im Controller implementieren, sondern in einer Digitalschaltung, die zwischen den Ausgangssignalen vom Controller und den Signalen vom RC-Empfänger umschaltet. Zur Umschaltung würde ich einen Kanal der Fernbedienung nutzen.
Oder willst du das Ding außerhalb der Senderreichweite fliegen lassen? Das würde ich mir gut überlegen.

Das Signal, dass gerade manuell geflogen wird, sollte aber auch an den Controller weitergegeben werden, um eben diesen nicht völlig zu verwirren.