Danke für euere Antworten.

Das mit dem Brown Out werd ich mal ausprobieren.
Es ist aber so, dass ich ja die Spannung komplett trenne und dann wieder anschließe, also ist das ja ein "kompletter" Spannungsverlust und nicht nur eine Unterspannung.
Wenn ich die Spannung unterbreche, wenn das ISP noch dran hängt, tritt dieses Problem ja komischerweise nicht auf. Das ist ja das, was mich so verwundert.
Und die Daten sind ja direkt mit im Flash gespeichert, also nicht flüchtig.
Das restliche Programm läuft ja trotzdem normal.

Aber ich werd den Brown Out Reset erst mal ausprobieren. Vlt erledigt sich dann das Problem von selbst.