FEHLER GEFUNDEN:
Das AVR-Studio nimmt nicht automatisch das soeben kompilierte Programm, sondern man muss das Input-Hex-File von Hand einstellen. Daher konnte ich programmieren was ich wollte - der Controller hat natürlich immer das Vorgängerprojekt ausgeführt.
Ich mag gar nicht glauben, wie lange ich daran gesessen habe...