Die Ladespannung liegt typischerweise ein wenig über der Akkuspannung - du willst ja auch Energie reinstecken und nicht das Ladegerät "laden"... Bild  

Du kannst den Referenzspannungseingang per Z-Diode auf 3V drücken, dann kannst du auch den AD-Wandler nutzen. Du solltest aber damit rechnen, dass sich bei fallender Spannung deine Frequenz verschiebt und damit das Zeitverhalten sich ändert - das kann sich bei Warteschleifen sehr deutlich auswirken.

Meine Empfehlung wäre einen Low-Dropout-Spannungsregler zu verwenden - Der hat nur eine sehr geringe Differenz zwischen nötiger Versorgungsspannung und der geregelten Ausgangsspannung (typ. 0,3-0,5V - je nach Typ).

MfG
Stefan