Hmm, komisch
Hast Du nach mit apt-get installiert ?
normal landet alles unter /usr/avr
Ist bei mir zumindest so, hab auch seit einer Ewigkeit wieder Debian drauf, nur weil nach dem Umstieg auf GCC 4.1.* mein Gentoo keine Lust mehr auf avr-gcc hatte

Aber wie gesagt mit apt-get installiert und ohne was zu tun läuft alles gut.
Vielleich ein Problem mit Makefile ?
sonst gibt es noch die -I -L Schalter wo man die Pfade eingeben kann

Gruß Sebastian