Programme laufen in einem AVR nur im Flash, das gibt die Architektur vor.
Es gab aber schon öfter gedanken dazu Programme Modular aufzubauen, also Programmteile von externer Quelle nachzuladen, und in den Flash zu schreiben, hab aber noch kein fertiges System gesehen.
Ist auch nicht recht schonend (für den Flash) so ein System.