-- I2C sollte an die I2C-Pins (SDA, SCL)

kommt drauf an, was du messen willst. wenn die ein "normaler digitaler I/O reicht... wenn du Zeiten genau messen willst brauchst du nen Input Capture (IC). ADC0-ADC5 kannst du dahin verdrahten, AIN1 glaub auch und ICP1 sowieso. Damit hättest du 8 IC-Ports (wenn du kein HW-I2C nutzt).
Messen musst du ohnehin sequenziell. Ich glaub nicht, daß dir die PCINT der neueren AVR wie ATmega4/8/168 viel bringen für deine Sache.