JTAG ist ein Debugging-Schnittstelle. Sie belegt vier Pins, bei nem Mega32 z.B. PC2 bis PC5. Diese Pins lassen sich nicht als normale Ein/Ausgänge nutzen, solange das JTAG über das Fusebit JTAGEN aktiviert ist (was bei nem fabrikneuen AVR der Fall ist).
Hast du vielleicht die Pinbelegung am AVR geändert?