Hallo Jens,
ich habe solch eine ähnliche 'Geschichte' soeben (bin mit der Hardware noch nicht komplett fertig) mit einem PIC realisiert: Ruhezeit von 0,1...6553,5ms und dann ein kurzer Impuls von 0,1...25,5ms, mit 'meiner' Philosophie zum Betrieb von Mikro-Controllern.
Ein Timer-Interrupt wird (in meinem konkreten Fall) alle 0,1ms ausgelöst und nichts anderes gemacht, als ein 16 Bit Zähler bis auf 0 decrementiert.
Beim Erreichen von 0 wird ein zweiter 8 Bit Zähler mit einem Wert geladen und ebenfalls im 0,1ms-Takt decrementiert; beim Erreichen von 0 wird der Ausgang abgeschaltet.
In Deinem konkreten Fall würde ich den Timer-Interrupt entsprechend der gewünschten Frequenz initialisieren und bei jedem Interrupt den Ausgang setzten und nach 1...n mal nop wieder abschalten; dann hast Du ziemlich genaue Nadelimpulse.

PS: In Deiner 'Hauptschleife' kannst Du dann richtig rumtrödeln, weil dort kein Interrupt und somit kein Nadelimpuls verloren geht.