Bin mir jetzt nicht sicher, aber das mit den ERAM Variablen scheint ein Problem zu sein,
Probier mal die Variable erst in einen andere Temp-Variable zu kopieren bevor sie im IF verwendet wird.

Evtl. dauert das schreiben und lesen (vom ERAM) auch nur zu lange, sodass in der ISR das ganze durcheinander kommt, vor allem weils zwei Byte sind !?
Vielleicht mal mit Disable/Enable Interrupts rumprobieren, wenn an den Integervariablen Daten geändert werden, glaub nicht das Bascom das von sich aus macht.