Möglich sollte es mit beiden sein, einen Bootloader wirst du aber in beiden Fällen schreiben müssen. SPI ist zwar seriell, das hat aber trotzdem nichts mit dem UART zu tun, für den die meiste Bootloader ausgelegt sind.

Ich benutze den MCP2515. Wie hattest du dir das Boot Protokoll über den CAN Bus denn generell so vorgestellt?

Gruß Philipp