Das Durchkontaktieren ist das geringste Problem, man stecke einen Draht durch, verlöte unten und oben und schneide dann jeweils unten und oben den Überstand ab.
Ich hab die Bungard Presse hier rumstehen, ist nicht schneller und weniger zuverlässig hab ich gemerkt als die Draht-Methode.
Ach so, wichtig, Bauteilbeine funktionieren als DuKo nur wenn man nach dem Bestücken auch noch an die Oberseite dran kommt. Beispielsweise IC-Sockel sind von oben nicht immer zugänglich, je nach Modell halt.

Das Zentrieren hab ich mit Umrandungen gemacht. Sprich ich drucke die ober und Unterseite aus und lege vor dem drucken im CAD-Programm einen Rahmen um die Platine. Eine andere Variante ist es Bohrungen anzubringen,
sprich man belichtet die eine Seite, da sieht mann dan nach dem Entwickeln schon ganz gut die Strukturen und bohre 2-3 Löcher an definierten Stellen. Dann legt man die zweite Maske einfach passend auf die Löcher.