mit winavr eine hex datei erzeugen (das ist der maschinencode), dann ponyprog starten, den richtigen atmega/controller auswählen, die hex datei laden und übertragen lassen. der microcontroller muss dazu mit strom versorgt sein. ponyprog meldet dann im günstigen fall, dass erfolgreich geschrieben wurde. das proggie im controller läuft dann sofort los.
winavr kann auch mit manchen isp-dongles umgehen, allerdings nicht mit dem, der in der Wiki beschrieben ist.

gruesse