Du musst dir ein ISP Programmierkabel zulegen. ( http://www.shop.robotikhardware.de/s...products_id=41 ) Kann man auch selber bauen, gibt extra einen Artikel im Wiki zum selberbauen.
Du programmierst dein Programm und tust es dann in den Microcontroller laden.
Beim Einsteigerboard machst du genau dasselbe, der Unterschied ist, dass dort dann schon ein paar Sachen an den Controller angeschlossen sind, z.B. LEDs, die du dann blinken lassen kannst.

MfG