Klingt vielleicht seltsam, aber Du könntest die Soundblasterkarte verwenden, um die Abstände der Zählimpulse genau zu messen.
Andereseits kannst du auch für das COM-Port Interrupts für die Steuerleitungen definieren, vielleicht reicht das ja auch.
Ansonsten wär so ein Kontrollerchen halt schon die beste Lösung, denk' ich.